En grande majorité les étudiants passent leurs examens, Edgar Faure semble donc avoir gagné son pari d’une rentrée calme. A l’inverse de ce calme apparent, on assiste à une contre-attaque particulièrement forte, dans les petites entreprises, que manifestent à la fois la répression et les licenciements des militants, le blocage des discussions sur le droit syndical. Cela signifie que le secteur de la production devient aujourd’hui le secteur prioritaire dans la lutte socialiste.
Le Bureau National U.N.E.F. édite un tract national à l’occasion de la rentrée 68-69. Beaucoup de points de ce tract restent ambivalents et il est difficile d’y lire des consignes claires. Si l’U.N.E.F. aborde la question de la cogestion on peut lire à quelques lignes d’intervalle que les étudiants seront élus au conseil de cogestion et qu’il n’est pas question que l’U.N.E.F en tant que telle y participe, et aussi : « si les élections ont lieu sur listes, les militants de l’U.N.E.F. ne participeront à ces élections que dans la mesure où ils pourront défendre un programme correspondant à la nature du mouvement de Mai. Ce tract fait pourtant date.
Contre les défenseurs d’une organisation apolitique et corporatiste, l’U.N.E.F. s’affirme comme un mouvement politique de masse et ses objectifs sont résolument anti capitalistes et anti-impérialistes, pour un changement global de l’université, voire de la société. Un certain nombre de principes généraux ont été avancés pour un changement des structures d’action et l’accord a pu se faire sur un texte appelé « Projet pour une nouvelle charte de l’U.N.E.F.
Pierre Naville fait le point sur la poursuite du mouvement étudiant dans les Universités. Des formes nouvelles d’enseignement, de recherche et d’examens sont discutées, et mises en place dans les facultés. La liberté d’expression politique, même si elle n’est pas encore admise par tout le corps enseignant, permet des débats critiques sur l’enseignement et une réflexion sur la participation directe des étudiants à tous les organismes de fonctionnement et de direction des universités. Le mouvement critique amorce une volonté réelle de transformation de l’Université.